Одновременно с распадом СССР в стране начался и распад объединённых духовных управлений. Духовное управление мусульман Северного Кавказа распалось на 7 управлений, после чего образовались ещё два. Потом распалось Духовное управление мусульман Европейской части СССР и Сибири с центром в Уфе. Первым из его состава вышло Духовное управление мусульман Республики Татарстан, затем Башкортостана, вслед за ними было образовано Духовное управление мусульман Сибири.

Лишь в 1993 году начался обратный процесс и было принято решение о создании Духовного управления мусульман европейской части России. В июле 1996 года главы самых авторитетных духовных управлений решили создать Совет муфтиев России. Совет собирается не реже двух раз в год на расширенные заседания с участием руководителей исламских учебных заведений. Председатель Совета избирается на 5 лет.

Мусульмане Северного Кавказа создали свой собственный координационный центр. При этом, духовные управления мусульман Республики Дагестан, Чеченской Республики, Республики Северная Осетия, Республики Адыгея, Республики Ингушетия входят и в Совет муфтиев России.